金宝贝发酵床具有除臭环保节能减排抗病促长等优点而得到广大养殖户的青睐与支持，但很多养殖户对于发酵床到底能否消毒，一直是心存疑虑。部分养殖户朋友认为，功能菌是活性物质，消毒会杀灭发酵功能菌，所以发酵床圈舍不能消毒。在大部分发酵床技术资料中也都提到甚至强调发酵床垫料上不能消毒。但是，根据北京华夏康源科技有限公司的金宝贝干撒式发酵床养猪养鸡技术应用几年的实践结果来看，这种想法不符合实际情况。也就是说，在发酵床上，特别是在金宝贝干撒式发酵床上，消毒完全可以做，不会影响发酵床的发酵功能。
一般的消毒对发酵床菌种没有明显的影响，因为消毒药的剂量相对于垫料数量太小，而且垫料本身具有强大的吸附作用，使得消毒药不易扩散和渗透。垫料的化学作用和发酵过程的生物化学作用对消毒剂有较快的降解效果。
发酵床猪舍内没有必要消毒。因为在发酵床垫料上，发酵功能菌占绝对优势，几乎没有病原微生物的生存空间。就是说，发酵床自身有消毒作用。
对于发酵床饲养的育肥猪，消毒的主要目的是防止猪瘟、口蹄疫、猪流感和流行性腹泻等传染性和致病性都较强的疫病传入，而对于条件性病原微生物的消杀不很必要。
猪场消毒的重点在与外界接触的环节上，如进出的人员、车辆以及大门口等。靠消毒药来控制病原体在一个圈舍内的传播几乎是徒劳的。
在周围有疫情威胁时应加强消毒，但在没有疫情威胁的绝大部分时间里没有必要频繁消毒。
综上所述，对于使用金宝贝发酵床的养殖户来说，平时几乎没必要消毒，万一需要吸毒的话，也可以放心大胆的按规程进行消毒，完全不必忌讳。
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