养殖场的消毒工作，是检验每个养殖场卫生防疫的标准，也是畜牧局要求每个养殖场必须要做的。这样做有的人虽然觉得麻烦，但可以防止外来病毒细菌的传染，以及每批肉鸭之间的交叉感染。金宝贝干撒式发酵床内含有丰富的有益微生物，如果正常维护管理一般是不会出现有害微生物的，但是除发酵床外的周边环境并不具备发酵床的抑菌作用，还是需要做预防性消毒处理的，因此需要有一定的消毒措施，而且该措施一定要达到既不影响发酵床中的菌种，也起到消毒作用的目的。
鸭群全部出栏后不用立即翻倒，首先进行发酵床除外的圈舍周围进行清扫，并使用液体消毒剂进行周边环境消毒。周边环境消毒结束之后再进行发酵床的消毒。发酵床容易干燥或者潮湿，因此要视发酵床的情况合理选择消毒方法。发酵床空床时，如果湿度较大，最好事先进行翻倒晾干，再选用烟熏方法进行消毒。如果发酵床比较干燥也可以使用液体消毒剂进行表面消毒，翻倒晾干后再进行烟熏消毒。烟熏消毒24小时候，打开窗户进行通风转群完毕后要根据日常管理需要进行消毒，一般有两种方法，一种是液体消毒，一种是中药烟熏消毒，两种方法主要是针对发酵床湿度情况和鸭群状况进行选择，一般发酵床湿度大时使用中药类烟熏消毒，消毒的过程是杀菌防病害的过程，也是调整发酵床湿度的最好时机。一般冬季发酵床容易潮湿，空圈时容易结冰，如果使用液体消毒会加重结冰情况，因此冬季适合使用烟熏消毒。冬季如果发酵床湿度过大，就需要在鸭群转群完之后迅速翻倒，并进行通风晾晒，而且转群最好控制在早上，这样经过白天一天的晾晒可以大大减少湿度。期间要注意潮湿严重的圈舍要提高翻倒次数确保水分能够迅速降低。
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