随着经济和社会的发展，水产养殖业得到了蓬勃的发展，在许多国家已成为国民经济的重要支柱。然而，水产养殖业迅猛发展的同时，水产养殖特别是集约化水产养殖废水及底泥污染不仅给环境造成巨大压力，而且是养殖水域环境恶化，养殖池塘的自净和调节能力下降。水产养殖专家指出水产养殖水域中的主要污染物是残饵、鱼类排泄物，含氮、磷的营养盐类。这些污染物的积累会导致养殖水体中化学需氧量（COD）、氨氮、亚硝酸盐氮等严重超标，影响鱼类的生长和生存。根据被消化的食物，生产1kg鱼类的生物量估计可产生162g有机物的粪便废物，其中包含50g蛋白质、31g脂肪、81g碳水化合物，营养盐废物产生量包括8g蛋白氮和22g氨态氮，合计为30g的总氮和7g总磷。由此可见，约有51%的氮和64%的磷成为废物，其结果导致鱼虾病害频频发生，水产养殖生物存活率和产量下降，给经济造成很大损失。因此如何改善水产养殖水域环境已受到广泛的关注和研究。
一、水产养殖水体的处理方法主要有物理消毒、化学药物处理和微生物调控等方法。
1、物理消毒法：即采用沉淀池过滤或沸石粉吸附，将养殖水体中的杂质和污染物去除，此方法不会对养殖环境造成二次污染，但其弱点是对于资源的浪费却是惊人的。
2、化学药物处理法：此方法是延续了几十年的传统养殖处理方法，即采用生石灰、漂白粉、絮凝剂、含氯或含溴消毒剂以及一些染料等有机或无机化合物来改善水质，这种方法是治标不治本的方法，只能在短期内产生效应，但其在改良水环境的同时，会对水产养殖动物产生不良影响，有些甚至会对环境与食品安全产生重大影响。
3、微生物调控法：即利用有益微生物在水体吸收氨氮、亚硝酸氮及硫化氢等，有效分解大分子有机物，同时抑制致病菌的大量繁殖，这是一种治本的环境处理方法，也是推行绿色养殖的最佳措施。
二、有益微生物的种类、作用及使用要点
1、光合细菌：这是一类能进行光合作用的原核生物，目前在水产养殖上普遍应用的是红假单胞菌，其特点是在菌体内含有具有光合色素，可在厌氧、光照条件下进行光合作用，利用太阳光获得能量，但不产生氧气。其在养殖水体内，可利用硫化氢或小分子有机物作为供氢体，同时也能将小分子有机物作为碳源加以利用，以氨盐、氨基酸等作为氮源利用，因此将其施放在养殖水体后可迅速消除氨氮、硫化氢和有机酸等有害物质，改善水体，稳定水质，平衡其水体酸碱度。但光合细菌对于进入养殖水体的大分子有机物如残饵、排泄物及浮游生物的残体等无法分解利用。
2、芽孢杆菌：为革兰氏阳性菌，是一类好气性细菌。该菌无毒性，能分泌蛋白酶等多种酶类和抗生素。在水产上运用的主要是枯草芽孢杆菌，其呈杆状，宽度0.5~0.8um,长度1.6~4.0um，利用芽孢繁殖，芽孢位于菌体中央，由于其芽孢繁殖的特性，芽孢对高温、干燥、化学物质有强大的抵抗性，因此十分便于生产、加工及保存。枯草芽孢杆菌菌群进入养殖水体后，能分泌丰富的胞外酶系，及时降解水体有机物如排泄物、残饵、浮游生物残体及有机碎屑等，使之矿化成单细胞藻类生长所需的营养盐类，避免有机废物在池中的累积。同时有效减少池塘内的有机物耗氧，间接增加水体溶解氧，保证有机物氧化、氨化、硝化、反硝化的正常循环，保持良好的水质，从而起到净化水质的作用。此外枯草芽孢杆菌在代谢过程中可以产生一种具有抑制或杀死其它种微生物的枯草杆菌素，此种抗生素为一种多肽类物质，可将养殖池底沉积物中发光弧菌的比例降低，抑制水体中致病菌的繁殖。
3、硝化细菌：硝化细菌系指利用氨或亚硝酸盐作为主要生存能源，以及能利用二氧化碳作为主要碳源的一类细菌，为化能自养菌，专性好氧，大多为专性无机型。硝化细菌可分为亚硝化细菌和硝化细菌两大类群。硝化细菌是一种好氧菌，在水体中是降解氨和亚硝酸盐的主要细菌之一。硝化细菌有两个属，其中一个属是把氨氧化成亚硝酸盐，从而获得能量，另一种则是把亚硝酸盐氧化成硝酸盐而获得能量，在pH、温度较高的情况下，分子氨和亚硝酸盐对水生生物的毒性较强，而硝酸盐对水生生物无毒害，从而达到净化水质的作用。
4、酵母菌：为真核生物，它在有氧条件下，酵母菌将溶于水中的糖类（单糖和双糖）、有机酸作为酵母菌所需的碳源，供合成新的原生质及酵母菌生命活动能量之用，对糖类的分解，可完全氧化为二氧化碳和水。在缺氧条件下，酵母菌利用糖类（单糖和双糖）作为碳源，进行发酵和繁殖酵母菌体。因此酵母菌能有效分解溶于池水中的糖类，迅速降低水中生物耗氧量，在池内繁殖出来的酵母菌又可作为鱼虾的饲料蛋白利用。
5、放线菌：放线菌是抗生素的主要生产菌，到目前为止，在已知的人畜用抗生素中，约有三分之二以上是由放线菌产生的。放线菌与光合细菌配合使用效果极佳，可从光合细菌中获得基质，产生抗生素及酶，直接抑制和杀灭病原微生物，并能提前获得有害微生物增殖所需的基质，促进有益微生物繁殖，调节水体中微生物的平衡；放线菌对有机物有着较强的降解能力，对木质素、纤维素、甲壳素等物质也能起到较好的降解作用；放线菌能产生生物凝絮剂，这种凝絮剂通过桥联、电性中和、化学反应、卷扫、网捕、吸附等作用，使养殖池中一些难以降解的有机物胶体脱稳、固液分离、絮凝沉淀，既可以去除水体和水底中的悬浮物质，亦可以有效地改善水底污染物的沉降性能、防止污泥解絮，起到改良水质和底质的作用。
有关专家指出，对于水产养殖而言，药物防治疾病只是暂时性的手段，而且存在水产品食用安全性问题，生态防治才是解决问题的根本出路。因此，要加强对微生物群的作用特点和优化养殖水域生态结构的研究，使养殖活动良性循环发展，才能取得更大的经济、社会和生态效益。长期合理的应用有益微生物必定会使养殖水域形成良好的生态系统，促进养殖活动健康发展。
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