鼠类糟踏大量饲料，造成猪舍建筑的大量毁坏，并且还是猪群疾病的传染媒介。搞好鼠类防治需要采取综合措施，包括下列四项：
同时发酵床不像水泥圈舍那样有洞穴，老鼠根本无法藏身，如果在发酵床内大洞，因发酵床表层10厘米以下，温度在30-50度之间，甚至50度以上，老鼠也不愿在如此高的温度下建巢穴，同时发酵床经常在猪的翻拱下搅拌，一般不到半个月整个床被猪就翻拱一遍了，老鼠还没有安身，他们的巢穴就被破坏了，所以老鼠不会在发酵床圈舍内建巢穴。
1)维持整个猪场的良好卫生条件；2)饲料贮存于密封良好的防鼠容器中；3)猪舍的防鼠结构；4)设鼠夹和或投鼠药。
将猪场内外的所有垃圾清除干净，因为垃圾是鼠类的藏身处。铲杂草和较深的草丛。所有猪舍四周留出至少1米宽的清洁小道，因为鼠类不愿穿越一个无遮盖的区域。为了防止鼠类打地洞钻入附近猪舍，有些猪农在猪舍周围铺设了一圈厚厚的石子小路(路宽2/3米，石子层厚度15厘米，石子直径2～3厘米)。
最理想的是把所有的饲料和补充料贮存于钢质容器内或防鼠仓室内。如果饲料以袋装方式贮存，应将饲料袋堆放在支架上以便于观察老鼠的活动，有必要时在支架下设置鼠夹或投放鼠药。
在建造猪舍时应尽量减少小孔的存在以防鼠类钻入猪舍内或钻过墙或天花板潜入防鼠区。应用防鼠材料封填和修补现有猪舍建筑上的裂口。堵死鼠类可能钻入防鼠区筑巢的洞口特别重要。鼠类的门齿向里弯，因此很难咬合扁平坚固的建筑材料，但却能很快地咬坏多种棱角突出的材料。
鼠夹捕鼠是一种非常有效的灭鼠方法，但需要一定的预见来选择正确的鼠夹设置地点。投放鼠毒铒能有效地减少鼠类的猖獗蔓延。杀鼠药有两种基本类型：抗凝集药物和非抗凝集药物。有些非抗凝集药毒死的鼠类被猪吃了以后对猪有毒害，而被另一些非抗凝集药毒死的鼠类对猪无毒害。在辨认鼠药性质时应仔细查阅厂家的说明标签。
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